中医时间治疗有着悠久的历史，其内容是中医治疗学不可分割的重要组成部分。它的形成除了和古人对人体生理病理的研究认识水平有关外，还与古代天文、历法的发展水平密切相关，特别是还与古人的“天人相应”哲学思想分不开，当时认为人和天地自然都来源于气，受着阴阳、五行规律的支配，因此人和自然具有相通或相类的关系。当时的医学巨著《内经》还把时空观作为评定医生医术水平的标准：“道上知天文，下知地理，中知人事，可以长久，以教众庶，亦不疑殆，医道论篇，可传后世，可以为宝”认为医道教众传世首重时空观，这对后世中医时间治疗的发展起了很大的助进作用。国外自从1729年法国天文学家德曼仁公布了他观察到植物叶片随昼夜变化而周期变动结果以来，生物界对生命节律的研究日益重视，人们已经认识到节律性是生命的重要特征。随着研究的深入，1937年在瑞典Rannely 召开了国际生物节律会议，随之时间生物学诞生，不久时间医学及时间治疗的研究蜂拥而至，目前有关时间医学方面的理论、临床及实验研究等方面的论文有近400篇。综合上诸文献， 可以看出中医时间医学有许多问题各文献是仁者见仁，智者见智，莫衷一是。笔者综合各家所述，参以历代时间医学有关论述综合归纳分析，兹将几个争议问题探讨如下：
　一. 中医时间医学与现代时间医学问题
　　人体生命活动的奥秘，及其对医学的影响已成为中医和现代医学共同探求的内容，但由于两种医学体系不同，研究的思路与方法也有相异之处，加之研究的时代背景和历史环境上的差异，中医时间医学与现代时间医学又有非常明显的区别。
　　中医时间医学以人体为一整体，重视对人体节律活动的综合观察与描述，如人体阴阳生理年节律，气血盈亏月节律和五脏病自然史节律等，所论阴阳、气血和五脏等分别是人体多种组织功能的综合代表。以五脏为例，不仅包括五脏本脏，还包括与五脏相关的五体、九窍、六腑等，而有关五脏生理节律也就包括了所有脏象学说内容。对于人体节律的形成中医注重人体各种器官组织功能活动相互之间的作用，如认为五脏节律的形成是脏器本身变化和脏腑之间作用变化的综合作用的结果，并以五行生克学说阐释之。又如阴阳节律，是阴阳双方互为影响，互为消长而形成的。这些均说明中医以研究人体综合节律为主。
　　现代医学则注重将人体分割成各个组织器官，深入到细胞、分子水平去研究人体节律活动的方式与动因。观察的对象多以单个器官，或一项功能、或一种物质变化为主。如皮质激素昼夜分泌模式，体温的昼夜改变，肾脏泌尿功能的变化周期等。此种以单一组织器官功能节律活动为研究对象，较中医具体，易于深入。
诚然要强调的是综合节律将人体节律间，以及自然界的综合影响均考虑在内，包括了体内外有关节律形成的众多因素，故综合节律的研究是单个节律研究所不能取代的。单个节律研究则以某一具体组织器官功能活动为专一研究对象，从分析方法入手，将单一节律从整体中分离出来进行观察，结果较为可靠，能够不断深入下去，充分揭示其机理。因此单一节律的研究非常必要，综合节律研究也无法取代之。
中医重视综合节律，现代医学则重视单一节律，这是两种医学在不同指导思想影响下各自侧重研究的特点。中医时间医学应汲取现代时间医学研究成果，并展开对人体单一节律的认识，重新分析评价综合节律的可靠性，应用性，并不断修正之。现代医学则应结合中医综合节律的方法与成果，对所研究的单一节律，求其共性，加以综合归纳。
　　二. 同一疾病不同的愈甚持起问题
　　在中医时间医学研究中，常见对同一脏腑病变的昼夜变化时间节律描述不一。因此有人认为对中医疾病愈甚持起问题众说纷纭，莫衷一是。如以肺病为例，有认为肺病的活动变化是上午